由政府推出的振興三倍券理論上可用於購買船票，請注意以下使用規則：使用期限民國109年7月15日起，至12月31日止紙本實體券振興三倍券等同現金，請在取票時現場支付由於政府規定三倍券不可兌換現金及不可找零，在使用的金額上請自行斟酌若票券金額不足支付船票的票價，請在現場櫃檯取票時以現金補足價差使用振興券購買的船票無法退票三倍券（實體券）無法用於電商線上訂票作業若欲使用振興三倍券購買船票，請自行電話向各船公司訂票並洽詢適用方式數位三倍券（綁定信用卡）目前無法確認是否適用，請洽詢您的信用卡發卡銀行 

因台東縣政府拖板工務船施工阻擋綠島南寮漁港航道，影響台東綠島船運交通，船隻無法正常進出港，6/6下午取消所有航班。隔日船班將恢復正常行駛，台東往綠島6/7並加開早上9:15的船班，疏運6/6下午無法如期前往綠島的旅客。有任何問題可致電船公司 : 帆利航運有限公司 089-281047

自7/1起，百麗航運於布袋往返馬公之航線，為疏運澎湖旺季旅遊人潮，將加入藍鵲輪與原雲豹輪一同輪班，並新增航班時間如下 : 布袋->馬公 9:00馬公->布袋 16:009月份航班時間暫未公布，飛魚船票網將隨時更新

端午連續假期澎湖船班即時訊息：雲豹輪(百麗航運)原預定船班已部分客滿，為因應端午旅客人潮，以下為加開班次：布袋→馬公：6/25 AM 07:00(已客滿)、6/25 AM 07:50(已客滿)、6/26 AM 07:30(已客滿)、6/26 AM 09:30(已客滿)馬公→布袋：6/25 PM 13:00(已客滿)、6/27 PM 13:00(已客滿)、6/28 PM 13:00(已客滿)聯營船班原預定船班已客滿，若有加開班次訊息將隨時更新 

綠島之星/綠島之星三號船公司（龍鴻航業）公告因西南氣流影響風浪不佳，原訂5/22（五）台東及後壁湖往返蘭嶼船班全天取消。5/23（六）台東及後壁湖往返蘭嶼船班，加開班次如下：台東、後壁湖往蘭嶼  07:30蘭嶼往台東、後壁湖  10:00造成不便敬請見諒。

恆星號/金星三號船公司（大發輪船）公告因受西南氣流影響海象不佳，基於乘客安全，5/22（五）船班全日取消。【恆星號】台東→蘭嶼 12:30 取消蘭嶼→台東 15:00 取消【金星三號】後壁湖→蘭嶼 07:00 取消蘭嶼→後壁湖 09:30 取消後壁湖→蘭嶼 12:30 取消蘭嶼→後壁湖 15:00 取消原訂搭乘5/22-15:00蘭嶼-台東船班的旅客，請持原船票改搭【恆星號】5/23-15:00蘭嶼-台東。造成不便敬請見諒。確認船班請電洽船公司：089-281477

因屏東縣政府預計於小琉球白沙交通港內施作浮動碼頭，港內漁民認為將影響漁船停放空間，5/18晚間白沙港內漁船串結將碼頭「封港」，目前交通輪無法停靠原小琉球白沙港航點，暫時改道駛往另一大型港口「大福漁港」做交通運輸。造成不便敬請見諒。確認船班請電洽船公司：08-8335169

5/27 更新：已開放線上訂票。為因應COVID-19疫情實名制，綠島線目前請直接電洽各船公司預訂。