雖然各航線都有專責的客輪，但船公司有時也會因為任務調度行駛的客輪；票價皆依原預訂的航線為準。
#各船公司票價均已包含政府規定的250萬旅客乘客險、30萬傷害醫療險
恆星號 大發輪船 大型高速客輪
元老級蘭嶼航線客輪，於2020年改為航行台南將軍港往返澎湖七美，已無全線支援蘭嶼航線。
| 船公司 | 大發輪船股份有限公司 |
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| 船型 | 單體鋁合金客輪 |
| 載客人數 | 195人 |
| 船寬 | 7.8M |
| 船長 | 39.70M |
排班客輪
綠島航線由帆利航運、長杰航運、龍鴻航運3家船公司共同排班，乘客無法指定所搭乘之船隻，皆統一由其所組成之船班合作中心調度派發船班為主。
提供台東往返綠島的船運服務有凱旋2號、天王星、 綠島之星、綠島之星2號，所有客輪簡介如本頁以下介紹。
| 船公司 | 綠島聯合訂票中心 |
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| 船型 | 單體/雙體高速鋁合金客輪 |
| 載客人數 | 300人 |
綠島之星
由日本於2003年12月建造，2012年自韓國引進台灣，船底為V形鋁合金設計，推進系統採水噴射式設計
船公司 : 龍鴻航運股份有限公司
載客人數 : 253人
引擎馬力 : 2,000匹
船速 : 30節
總噸位 : 270噸
船身尺寸 : 長34.15公尺 寬6.8公尺 模深 3.0公尺
| 船公司 | 綠島聯合訂票中心 |
| 聯絡電話 | |
| 船型 | 單體高速鋁合金客輪 |
| 載客人數 | 253人 |
綠島之星二號
由日本於1992年5月建造，2002年引進台灣，推進系統採水噴射式設計
船公司 : 龍鴻航運股份有限公司
載客人數 : 317人
引擎馬力 : 5292kw
船速 : 39節
總噸位 : 270噸
船身尺寸 : 長34.15公尺 寬6.80公尺 模深 3.00公尺
| 船公司 | 綠島聯合訂票中心 |
| 聯絡電話 | |
| 船型 | 雙體高速鋁合金客輪 |
| 載客人數 | 317人 |
凱旋3號
凱旋3號造價1億8000萬，由新加坡設計製造，搭載雙噴射水推進器，配備長短程雷達衛星導航系統及夜間航行儀器，船體有穩定翼設計，可以增加船體浮力及減少船體阻力。
船公司：帆利航運有限公司
英文船名：KAI SHIUAN NO.3
建造年月：84年3月
船型 : 雙體高速鋁合金客輪
載客人數 : 368人
引擎：MTU-V-16型（BENZ）2700HPX2
船速 : 41節（全速）
總噸位 : 482噸
船身尺寸：長40M / 寬10Ｍ / 高3.97Ｍ / 模深3.00M
| 船公司 | 帆利航運有限公司 |
| 聯絡電話 | |
| 船型 | 雙體高速鋁合金客輪 |
| 載客人數 | 368人 |
凱旋9號
凱旋9號造價逾2億，由新加坡GLOW MARINE船廠建造，於2025年5月投入綠島與蘭嶼航線營運。新船採用創新的「單體雙尖艏」設計，能有效強化破浪性能降低衝擊力與浪阻，同時兼顧高速與節能表現。
船公司：帆利航運有限公司
英文船名：KAI SHIUAN NO.3
建造年月：114年4月
船型 : 單體鋁合金高速客輪
載客人數 : 316人
引擎：德製MTU柴油主機16缸3部
船速 : 34.2節（全速）
總噸位 : 427噸
船身尺寸：長42M / 寬8.5Ｍ
| 船公司 | 帆利航運有限公司 |
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| 船型 | 單體鋁合金高速客輪 |
| 載客人數 | 316人 |
天王星21號
天王星21號造價2.2億，由新加坡GLOW MARINE船廠建造，是國內第1艘汰舊換新，由政府補貼造船的全新客輪。於2025年3月投入綠島與蘭嶼航線營運。船體設計以白色為底，搭配紅色流線型線條；船艙內指標示系統結合臺灣藍色公路品牌「TAIWAN Hi」，融入船舶美學。
船公司：長杰航運股份有限公司
英文船名：URANUS NO.21
建造年月：114年2月
船型 : 單體鋁合金高速客輪
載客人數 : 352人
引擎：4部德國製造輪機
船速 : 35節（全速）
總噸位 : 488噸
船身尺寸：長37.51M / 寬10Ｍ
| 船公司 | 綠島聯合訂票中心 |
| 聯絡電話 | |
| 船型 | 單體鋁合金高速客輪 |
| 載客人數 | 352人 |
